Nació en 1949. Es un político burundés, presidente de la república en dos ocasiones (1987-1993 y 1996-2003). De etnia tutsi, estudió en la Academia Militar Real de Bruselas y en centros de Francia y Alemania Occidental. Posteriormente se integró como oficial jefe de Operaciones en el Ministerio de Defensa y formó parte del Estado Mayor.

Con el grado de Mayor encabezó el golpe de Estado del 3 de septiembre de 1987 que depuso al presidente J. B. Bagaza, entonces ausente del país, a quien acusó de violar los derechos humanos. Buyoya, que era miembro del Comité Central del partido único, la Unión para el Progreso Nacional (UPRONA) desde 1982, constituyó un Comité Militar para la Salvación Nacional (CMSN) y asumió también el Ministerio de Defensa.

Días más tarde, esta junta lo nombró presidente de la República. El 9 de marzo de 1992 fue aprobada una Constitución que instauraba el pluripartidismo, y el 1 de junio de 1993 tuvieron lugar elecciones libres, en las que Buyoya, por el UPRONA, cayó derrotado. 

Tras tres años alejado del primer plano político, en los que el país se sumergió en una dramática espiral de crisis institucionales, magnicidios, matanzas interétnicas y, finalmente, la guerra civil, Buyoya reapareció como figura escogida por el ejército en su golpe de Estado del 25 de julio de 1996 para tratar de poner coto a la explosiva situación. Se confiaba en la moderación y virtudes conciliadoras de Buyoya, pero los embates de la guerrilla hutu del Consejo Nacional para la Defensa de la Democracia (CNDD) y, por el lado tutsi, de milicias extremistas y elementos del ejército incontrolados, prosiguieron con sorda intensidad, perpetuando la violencia generalizada. Además, Buyoya hubo de afrontar el aislamiento exterior, desde que el 31 de julio los jefes de Estado de la región (Etiopía, Kenia, Zambia, Tanzania, Uganda y Ruanda) decidieron en Arusha (Tanzania) aplicar sanciones mientras Buyoya no levantara la suspensión a los partidos políticos, reabriera la Asamblea Nacional y accediera a negociar con el CNDD. 

El 11 de junio de 1998 Buyoya se hizo proclamar presidente constitucional y formó un gobierno transitorio de coalición con el FRODEBU, al tiempo que ahondó su compromiso de paz con el CNDD. Tras un acuerdo, Buyoya entregó el poder en 2003.

Hoy en día es Representante Especial para Sahel en la Unión Africana y ha participado en eventos como el VII Encuentro de Enviados Especiales de la UE y Socios del Sahel, organizado por Casa África.