La Universidad Panafricana (PAU) fue diseñada en el año 2008, y lanzada en 2011 por la Unión Africana, como una iniciativa continental para la revitalización de la educación superior. Para su creación, La Asamblea de la Unión Africana se inspiró e impulsó por los principales marcos de política de La Comisión de la Unión Africana (AUC), entre ellos la Visión de la Unión Africana, el Segundo Decenio de la Educación y el Plan de Acción Consolidado para la Ciencia y la Tecnología.

Se identificaron cinco campos de estudio clave a partir de los que se crearon los diferentes institutos de la Universidad:

• Gobernabilidad, Humanidades y Ciencias Sociales (PAUGHSS) (situado en Camerún)
• Ciencias de la Vida y de la Tierra (PAULESI) (situado en Nigeria)
• Ciencia, Tecnología e Innovación (PAUSTI) (situado en Kenia)
• Ciencias del Agua y la Energía (incluye el cambio climático) (PAUWES) (situado en Argelia)
• Ciencias Espaciales (PAUSS) (situado en Sudáfrica)

La PAU trabaja como una única Universidad dirigida por el Departamento de recursos humanos, ciencia y tecnología de la AUC,  con un solo Rectorado (situado en Camerún) y con su propio Senado supervisado por un Consejo. Cada instituto de la PAU está encabezado por un Director, y el personal que trabaja en cada uno de ellos incluye personal académico y administrativo que trabaja en los departamentos  relacionados con la enseñanza, las actividades de extensión de la investigación y la administración. Cada instituto tiene su propia Junta presidida por el Director que se encarga de supervisar los asuntos académicos, administrativos y financieros de la facultad. 

PAUGHSS

El Instituto de Gobernabilidad, Humanidades y Ciencias Sociales fue creado en 2002, y se encuentra en Camerún. Ofrece dos Máster y dos Doctorados en «Desarrollo Regional y Gobernabilidad», que se llevan a cabo en la Universidad de Yaundé II y en «Traducción e Interpretación de Conferencias» que se desarrollan en el «Advanced School of Translators and Interpreters (ASTI)» de la Universidad de Buea.

PAULESI

El Instituto de Ciencias de la Vida y de la Tierra fue creado en 2009, y se encuentra en el reciento de la Universidad de Ibadan. Ofrece siete programas  de Máster y Doctorado en los siguientes campos: Ciencias de la Salud Reproductiva, Mejora Genética Vegetal, Geociencias, Gestión Ambiental, Veterinaria, Investigación sobre plantas medicinales y Desarrollo de medicamentos, y Gestión Deportiva y Desarrollo de Políticas.

PAUSTI

El Instituto de Ciencia, Tecnología e Innovación fue creado en 2012, y se encuentra en el recinto de la Universidad Jomo Kenyatta de Agricultura y Tecnología  en Nairobi. Sus estudiantes se especializan en campos como Matemáticas, Biología Molecular y Biotecnología; Ingeniería Civil; Ingeniería Mecánica; Ingeniería Mecatrónica e Ingeniería Eléctrica. Ofrece tanto especializaciones de Doctorado como de Máster. 

Su lema es: «Fomentar la calidad, ejemplificar la excelencia». 

PAUWES

El Instituto de Ciencias del Agua y la Energía fue creado en 2014, y desde su creación ha acogido a más de 200 estudiantes de más de 31 países de África. Se encuentra en el recinto de la Universidad Abou Bekr Belkaid de Tlemcen y ofrece cuatro programas de Máster en Ciencias del Agua y Ciencias de la Energía, con especializaciones en ingeniería y política.  

PAUSS

El Instituto de Ciencias Espaciales aún está en desarrollo.