Este museo pertenece al organismo estatal de los Museos Nacionales de Kenya. Esta corporación se estableció por un Acta Parlamentaria de Museos Nacionales y Patrimonio en el 2006. Su objetivo central es coleccionar, preservar, estudiar, documentar y presentar el pasado y presente cultural de Kenya, así como su patrimonio natural. Opera a través de diversos museos regionales como el Museo Nacional de Nairobi, localizado en la ciudad capital del país. Este es el instituto central de los Museos Nacionales de Kenya. Su historia comenzó hacia 1910 cuando la anterior Sociedad de Historia Natural de África del Este, hoy Sociedad de Historia Natural del Este Africano, buscaba un lugar para resguardo de sus colecciones de especímenes. En su primera década de existencia, el museo fue ubicado en la Casa Nyayo; después ocupó el edificio donde se ubica actualmente el Hotel Serena de Nairobi hasta que el gobierno colonial decidió construir un edificio ex profeso para el museo. Éste fue inaugurado en la "Museum Hill" y abrió sus puertas en Septiembre de 1930 con el nombre de Museo Coryndon en honor a Sir Robert Coryndon, anterior gobernador de la nación. Después de la independencia del país en 1963, el museo fue renombrado con el título que le corresponde en la actualidad. Tras un período de modernización y expansión del edificio, el museo reabrió sus puertas en 2008. El acervo que resguarda esta institución comprende los cuatro pilares del patrimonio nacional de Kenya como son la naturaleza, la cultura, historia y Arte Contemporáneo. Además de las salas de exhibición, el museo ofrece a los visitantes un espacio para exhibiciones temporales y un Jardín Botánico.